국정원은 이날 '간첩 증거위조 의혹 사건 관련 국정원 입장'이라는 제목의 보도자료를 내고 "일부 언론에서 국정원도 조작 사실을 알고 있다고 보도했으나 이는 사실과 다르다"고 반박했다.
김씨가 자살을 시도하기 전 남긴 유서를 통해 아들에게 국정원으로부터 '가짜서류 제작비 1000만원'을 받아야 한다고 글을 남긴 데 대해 "유서에 나온 '가짜 서류제작비 1000만원'과 관련된 문건은 '답변서'와는 전혀 별개로, 김씨가 지난 2월말 입국 때 제시했는데 이 문건의 진위를 판단하기 위해 요구금액을 즉시 지급하지 않고 유예한 바 있다"고 해명했다.
김씨로부터 해당 문건을 받게 된 경위에 대해서는 "국정원은 김씨에게 (유우성씨) 변호인 측이 지난해 12월 법원에 제출한 싼허변방검사참의 정황설명에 대한 사실관계 여부를 확인할 수 있는지를 문의한 바 있다"며 "이에 김씨가 가능하다고 답변한 후 정황설명에 대한 답변서를 '중국측으로부터 발급받았다'며 건네줬다. 이를 진본이라 믿고 검찰을 거쳐 법원에 제출했다"고 설명했다.
검찰 진상조사팀에 의해 유씨 변호인측의 문건과 김씨가 가져 온 문건의 관인이 서로 다르다는 분석 결과가 나온 것에 대해서는 "김씨에게 진위 여부를 문의했고 김씨가 '직접 한국에 들어가 문서가 위조된 것이 아님을 검찰에서 밝히겠다'고 해 이에 동의한 것"이라고 부연했다.
국정원은 "앞으로 검찰 조사에 성실히 임해 사실관계가 조속히 규명될 수 있도록 최선을 다할 것"이라고 덧붙였다.
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